Table 2 Representative results from the partial phylogenetic profiling analysis of the predicted proteins of Nitrosomonas europaea ATCC 19718. The PEP-CTERM profile consisted of 12 positive (YES, 1) and 190 negative (NO, 0) species.
BLAST E-value | Top hit locus | Hit genome | PEP-CTERM Profile | partial profile score -log(P) |
|---|---|---|---|---|
Best hit: NE1797 – EpsH | ||||
2.1 e-142 | Nmul_A2521 | Nitrospira multiformis | 1 | |||| 1.2 |
1.6 e-112 | Tbd_0290 | Thiobacillus denitrificans | 1 | |||||| 2.4 |
3.0 e-102 | Noc_1978 | Nitrosococcus oceani | 1 | ||||||||| 3.7 |
9.2 e-92 | Daro_2406 | Dechloromonas aromatica | 1 | |||||||||||| 4.9 |
2.7 e-78 | ebA4261 | Azoarcus sp. EbN1 | 1 | ||||||||||||||| 6.1 |
1.1 e-38 | HCH_02741 | Hahella chejuensis | 1 | |||||||||||||||||| 7.4 |
2.3 e-33 | GSU_1979 | Geobacter sulfurreducens | 1 | ||||||||||||||||||||| 8.6 |
2.7 e-24 | DVU_A0055 | Desulfovibrio vulgaris | 1 | |||||||||||||||||||||||| 9.8 |
1.7 e-06 | all5246 | Nostoc sp. PCC 7120 | 1 | ||||||||||||||||||||||||||| 11.0 |
2.9 e-06 | Ava_2911 | Anabaena variabilis | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||| 12.3 |
1.3 e-03 | RB2461 | Rhodopirellula baltica | 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||| 13.5 â—€ |
1.9 e-02 | PSHAb0228 | Pseuroalteromonas haloplanktis | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||| 12.4 |
3.1 e-02 | Plut_1390 | Pelodictyon luteolum | 0 | ||||||||||||||||||||||||||||| 11.6 |
8.0 e-02 | AF_1831 | Archaeoglobus fulgidus | 0 | ||||||||||||||||||||||||||| 11.0 |
15th best hit: NE2015 – possible CapK protein | ||||
3.3 e-80 | Daro_2411 | Dechloromonas aromatica | 1 | |||| 1.2 |
1.3 e-76 | Noc_1971 | Nitrosococcus oceani | 1 | |||||| 2.4 |
1.9 e-75 | Nmul_A0291 | Nitrospira multiformis | 1 | ||||||||| 3.7 |
2.4 e-54 | ebA4317 | Azoarcus sp. EbN1 | 1 | |||||||||||| 4.9 |
8.4 e-43 | Tbd_0295 | Thiobacillus denitrificans | 1 | ||||||||||||||| 6.1 |
1.0 e-28 | MA1063 | Methanosarcina acetivorans | 0 | |||||||||||||| 5.4 |
4.2 e-26 | GSU1950 | Geobacter sulfurreducens | 1 | |||||||||||||||| 6.5 â—€ |
2.0 e-20 | NT02CA1188 | Chloroflexus aurantiacus | 0 | ||||||||||||||| 6.0 |
9.2 e-18 | cbdbA894 | Dehalococcoides sp. CBDB1 | 0 | |||||||||||||| 5.5 |
1.3 e-16 | VC0924 | Vibrio cholerae El Tor | 0 | ||||||||||||| 5.1 |
1.4 e-16 | DVU_3253 | Desulfovibrio vulgaris | 1 | |||||||||||||||| 6.2 |
5.1 e-16 | lpl1943 | Legionella pneumophila | 0 | |||||||||||||| 5.8 |
2.5 e-15 | DET_0940 | Dehalococcoides ethenogenes | 0 | |||||||||||||| 5.5 |
2.5 e-15 | PSPTO_2429 | Pseudomonas syringae | 0 | ||||||||||||| 5.2 |
34th best hit: NE1609 – type II secretion system protein E | ||||
7.9e-221 | Nmul_A2588 | Nitrospira multiformis | 1 | |||| 1.2 |
2.5 e-170 | Tbd_1295 | Thiobacillus denitrificans | 1 | |||||| 2.4 |
2.0 e-160 | Pfl_1982 | Pseudomonas fluorescens | 0 | ||||| 2.0 |
6.1 e-159 | PP3483 | Pseudomonas putida | 0 | |||| 1.7 |
5.4 e-158 | Daro_3223 | Dechloromonas aromatica | 1 | ||||||| 2.7 |
7.4 e-154 | ebA1226 | Azoarcus sp. EbN1 | 1 | |||||||||| 3.8 |
4.3 e-149 | RSp0148 | Ralstonia solanacearum | 0 | |||||||| 3.4 |
3.1 e-132 | GSU1783 | Geobacter sulfurreducens | 1 | ||||||||||| 4.4 |
9.6 e-129 | Pcar_0131 | Pelobacter carbinoicus | 0 | |||||||||| 4.1 |
1.2 e-91 | HCH_03937 | Hahella chejuensis | 1 | ||||||||||||| 5.1 â—€ |
1.1 e-90 | TTE1262 | Thermoanaerobacter tengcongensis | 0 | |||||||||||| 4.8 |
1.1 e-88 | SO0167 | Shewanella oneidensis | 0 | ||||||||||| 4.5 |
1.4 e-88 | Moth_1554 | Moorella thermoacetica | 0 | ||||||||||| 4.3 |